تفاوت اصلی این دو در این است که در چک پرداختی اول دوره به دلیل اینکه قبل از شروع دوره مالی تاثیر خود را بروی حساب دریافت کننده گذاشته اند با ثبت در چک پرداختی اول دوره دیگر بروی حساب دریافت کننده تاثیر نمی گذارند و این در صورتی است که در چک پرداختی طی دوره تاثیر در زمان ثبت می باشد.